深圳东湖医院肝病科是1998年深圳市首批确定的重点医学专科之一，在历年考评中均名列深圳市重点专科前三名。肝病科包括普通肝炎病区.小儿肝炎病区.肝硬化肝癌病区.重症肝炎治疗中心.中西医结合肝病区等6个肝病病区，主要收治各型病毒性肝炎及各类肝病（包括肝硬化.慢性肝病.肝纤维化.脂肪肝.酒精性肝病等）。在肝病的诊断.检测方面（包括血清学.免疫学.分子生物学.组织病理学等的检测）已经配套齐全，检测水平达到国内同类医院的先进水平。中西医结合肝病科是东湖医院重点发展科室，重点研究慢性肝炎.肝纤维化.肝硬化的中西医结合治疗，对肝纤维化.肝硬化.高甲胎球蛋白血症.重型肝炎的治疗有独到之处，提高了肝硬化腹水的疗效和重型肝炎抢救成功率。为提高重症肝炎的抢救成功率，医院在原重症肝炎病区的基础上，建立了肝病ICU中心，配备具有国际先进水平的生物人工肝治疗仪，该中心已成为本市重肝的治疗中心。
呼吸内科以收治各型肺结核为主，也收治慢性阻塞肺部疾病.肺心病等，为深圳市难治性肺结核主要收治医院，肺癌.肺空洞填实.肺动脉栓塞等介入治疗也取得了长足的进展。医院新引进了CT机.数字X光机，可以为患者提供先进的检查手段。
肝病研究所是于1996年以该院为依托成立的，是深圳市唯一市属肝病研究所，几年来先后承担省.市下达的科研课题16项，取得广东省科技进步三等奖2项.深圳市科技成果进步一等奖2项，二等奖4项，三等奖1项。以科技为龙头，带动临床与基础研究，使医院的医疗技术水平达到全国同专业先进水平。肝研所下设分子生物室.基因工程室.免疫室.病毒室.病理室.细胞室等八个研究室，配备了一系列国内外先进的医疗设备，主要有DNA测序仪.基因芯片计算机扫描仪.流式细胞仪.蛋白层析系统.生物荧光显微镜.Bio-Rad定量PCR检测仪等，可以进行病毒基因定量.病毒基因变异分析及各类肝炎病毒的免疫学.分子生物学检测及各类肝病组织细胞学检查（包括组织学诊断.免疫组化.原位杂交等）。
